한국 외교부와 일본 외무성이 9월 11일(월) 5시 15분 발표한 합의문에서 공동조사 지점은 독도수역 3곳과 일본의 배타적경제수역 3곳 합계 6곳으로 변경, 확정되었음을 독도본부는 확인하였다. 2006년 9월 4-7일 사이 서울에서 한일 두 나라가 주장하는 배타적 경제수역이 겹치는 수역 즉 독도수역에서의 한일 공동 방사능 오염 조사문제를 두고 두 나라 외교부서가 협상을 벌여 독도의 배타적 경제수역 두 곳에서 공동으로 방사능 오염조사를 하기로 합의하고 9월 7일 오후 합의사항을 발표했다.
이후 합의사항 시행을 위한 실무적인 준비를 논의하는 기조는 9월 11일 오후까지도 유지되었으나 11일(월) 늦은 오후 독도수역 3곳에 더하여 일본 측 배타적 경제수역 안에서 조사할 곳 3곳이 덧보태진 바뀐 합의사항이 갑자기 발표되었다. 이런 긴급한 합의 변경은 11일(월) 오후 5시 15분 일본측에서 외무차관이 발표하고 언론에는 7시 이후부터 보도가 나오기 시작하였다. 한국과 일본 두 나라의 발표문과 두 나라의 언론 보도를 종합해서 내용을 비교 판단할 때 이는 한국의 여론을 감안하여 11일 오후에 합의사항 내용 변경이 이루어진 것으로 짐작된다.
현재 외교부가 합의한 독도수역 3곳과 일본의 전속 배타적 경제수역 3곳이 대등하게 포함되었으므로 이는 독도의 배타적 경제수역 안에서만 한일 두 나라가 공동조사하는 사항이 배제된 것이며 일본측 전속 관할수역에서도 같은 조사가 이루지는 만큼 일단 독도 영유권 침탈에 대한 우려는 배제된 것으로 독도본부는 해석한다. 그러나 일본은 항상 대한민국의 독도 영토주권을 훼손할 의도로 정책을 수립하고 집행한다는 점을 당국자는 잊지 않기 바란다.
일본과의 독도수역 공동조사를 막기 위하여 앞장 선 독도본부와 더불어 관심을 보여준 국민적 관심이 결국 독도 영토주권에 타격을 가할 수 있는 합의를 뒤엎고 바로 잡은 결정적인 힘이었다고 생각합니다. 앞으로도 독도 위기를 둘러싸고 항상 긴장과 갈등이 생길 수 있으므로 독도를 사랑하는 국민께서 깊은 관심을 가지고 지켜봐 주시기 바랍니다.
