신한일어업협정은 동해 공동 관리수역에서 기국주의의 적용(부속서Ⅰ 제2항)의 결과 어업에 관한 한국의 관계법령을 위반한 일본 선박에 대한 한국의 추적권이 동 수역에서 배제되어 있다. 따라서 독도의 영해 또는 배타적 경제수역에 침범하여 어업에 관한 한국의 관계법령을 위반한 일본 선박이 동 수역으로 진입하게 될 때, 한국의 권한 있는 당국이 동 일본 선박을 동 수역까지 추적하여 정선·나포·인치할 수 없다. 이는 한국의 독도에 대한 실효적 지배를 약화시켜 독도의 영유권을 침해하는 결과를 가져오게 한다.
독도의 영해 또는 배타적 경제수역에 침범하여 한국의 어업에 관한 관계법령을 위반한 일본 선박에 대해 동해 공동 관리수역에서 한국의 추적권을 배제한 신한일어업협정 부속서Ⅰ 제 2 항의 규정은 한국이 독도의 영해 또는 배타적 경제수역에 대한 일본의 실효적 지배를 동 협정을 통해 승인한 것이다.
동해 공동 관리수역에서 추적권의 배제에 의한 한국의 독도에 대한 실효적 지배의 약화는 한국의 독도에 대한 상대적 권원을 약화시키고 일본의 상대적 권원을 강화하여 한국의 독도 영유권을 침해하는 결과를 가져오게 한다.
연안국이 그의 관할수역에서 관계법 질서를 위반한 외국 선박을 그의 관할수역 밖에 까지 추적하여 정선·나포·인치할 수 있는 연안국의 권리인 추적권의 행사는 '주권의 행사'(exercises of sovereignty)다.
추적권은 '근원적 자위권의 확장'(an expansion of the primordial right of self-defence)의 의미를 갖는다.
자위권은 국가의 다른 권리의 기본'(foundation of all of the other rights of state)이 되는 권리 또한 국가의 '고유한 권리'(inherent right) 이다
독도의 영해 또는 배타적 경제수역을 침범한 일본 선박을 동해 공동 관리수역에서 추적할 수 없도록 규정한 동 협정은 일본에 의한 독도 침범에 대한 한국의 국제법상 기본적 권리이고 고유한 권리인 자위권을 배제한 것으로 이는 독도의 영유권을 근본적으로 침해한 것이다.
'한일어업협정'은 독도의 영해 또는 배타적 경제수역을 침범한 일본 선박에 대해 동해 공동 관리수역에서의 한국의 추적권을 배제하고 있다. 연안국의 영해에 대한 권리는 '주권'이고, 배타적 경제수역에 대한 권리는 '주권적 권리'이므로 일본 선박이 독도의 영해 또는 배타적 경제수역을 침범하는 것은 한국의 주권 또는 주권적 권리를 침해한 것으로 된다. 따라서 동해 공동 관리수역에서 독도의 영해 또는 배타적 경제수역을 침범한 일본 선박에 대한 한국의 추적권을 배제한 동 협정은 한국의 독도 영유권을 침해한 것이고 한국의 국가 주권 자체를 침해한 것이다.
침해된 한국의 독도 영유권을 회복하기 위해 동 협정 제16조 제2항의 규정에 의한 동 협정의 폐기 통고가 시급히 요청된다.
[독도본부 제16회 독도위기 학술토론회07. 02. 24]어업협정 폐기해도 일본의 독도에 대한 권리는 그대로 남는 문제를 어찌할 것인가 -한일 공동 관리수역의 추적권 배제는 독도의 영유권 침해 행위-
김명기(명지대 명예교수, 전 대한국제법학회 회장)